1644年（顺治元年）五月，崇祯皇帝的从兄福王朱由崧在凤阳总督马士英等人的拥戴下，在南京称帝，建元弘光。这个政权一开始就充满着矛盾，阉党余孽马士英、阮大铖等与东林党人斗争不已。南京兵部尚书史可法、户部尚书高弘图和马士英都以大学士名义入阁办事，但是马士英一伙很快就把史可法挤出南京，令其督师扬州。

    但弘光小朝廷非常腐败，朱由崧昏庸荒淫。马士英之流乘机树党营私，大肆打击迫害反对过马、阮的东林党人。当政者勒派军饷，增加赋税，甚至公开卖官，贿赂公行，政治腐朽到极点。

    1645年三月，清军从归德分两路向南进攻，一路指亳州，一路指徐州。就在此时，南明内部互相攻战不已，清军乘机南进。四月十五日，清军围扬州。史可法坚守孤城十余天，最后城破被执。清豫王多铎备加礼敬，劝他投降。史可法说：“城存与存，城亡与亡，我头可断，而志不可屈”，慷慨就义。他的余部和扬州人民一起，同清军展开巷战，全部壮烈牺牲。清军占领扬州后，对人民大加杀戮。

    清军于五月间顺利进入南京。弘光帝逃到芜湖，很快就成为俘虏。马士英、阮大铖逃到杭州。来不及逃跑的许多南明官僚，都卖身投靠清王朝。

  六月，清政府重申薙发令，促使民族矛盾进一步激化。大江南北各地人民纷起抗清。其中尤以江阴、嘉定人民的抗清斗争，最为惊心动魄和可歌可泣。

    清军攻下江南后，很快进入浙江，占领了杭州、嘉兴、湖州等地。浙江农民、手工业者和一部分地主阶级知识分子，纷纷行动起来抗清。

    1645年（顺治二年）闰六月，浙中义师公推张煌言等人去台州迎立鲁王朱以海在绍兴就监国位。同时，郑芝龙、黄道周等也拥立唐王朱聿键在福州称帝，建元隆武。

    但鲁王、唐王两个政权互争真伪，不能合作。鲁王政权内部矛盾重重，政治腐败。1646年（顺治三年）六月，清军渡过钱塘江，进攻绍兴，鲁王在张名振的保护下浮海南逃。

    唐王政权内部同样十分腐朽，其军政大权完全掌握在郑芝龙手里，而郑芝龙无意抗清。首辅黄道周挺身而出，请求督师北伐，但郑芝龙却百般刁难。黄道周在进军途中，兵败被俘，不屈遇害。

    当清军南下进逼福建时，郑芝龙便准备降清。1646年秋，福州失守，唐王逃至汀州（长汀），被清军俘杀，郑芝龙不听从他儿子郑成功等人的苦心劝告，剃发降清，隆武政权倾覆。

    1651年，舟山被清军攻破，张名振、张煌言保护鲁王航海南下到金门。1653年（顺治十年）鲁王去监国名号。张煌言与郑成功结合起来，继续进行抗清斗争。